Perpustkaan berikut berisi ringkasan lengkap mata pelajaran biologi SMP dan SMA.
https://fliphtml5.com/bookcase/bukag/
Perpustakaan Digitan Biologi
Modul Ajar RPP Plus penerapan Kurikulum Merdeka
https://drive.google.com/file/d/15mwuolTf3rANsSvovwIINLKHB-ZfDKm_/view?usp=sharing
Modul Praktikum Kurikulum Merdeka dan RPP Plus
Keberagaman Budidaya Tanaman Terbaru di Kehidupan Sehari-hari
(Semi-Hidroponik, Hidroponik, Aeroponik dan Hidroponik Sederhana)
AKSI NYATA: MERDEKA BELAJAR
Modul 1 bagian 1: Mengenali dan Memahami Diri Sebagai Pendidik
Apa Peran Saya Sebagai Pendidik
Tidak dipungkiri bahwa peran guru amatlah penting bagi perkembangan murid. Video ini mengajak kita berefleksi bersama terkait peran sebagai guru selama ini.
Latihan Pemahaman
Sebagai guru, tindakan yang perlu dilakukan adalah menyelaraskan peran guru yang relevan dengan konteks murid dan zaman.
Ingin Menjadi Guru Seperti Apa Saya
Referensi:
Ki Hadjar Dewantara – Ki Hadjar Dewantara (Pemikiran, Konsepsi, Keteladanan, Sikap Merdeka). Cetakan ke 5: 2013.
Penerbit:
Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa bekerja sama dengan Majelis Luhur Persatuan Taman Siswa 2013
Modul 1 bagian 2: Mendidik dan Mengajar
Mendidik bobotnya adalah pembentukan sikap mental/kepribadian bagi anak didik , sedang mengajar bobotnya adalah penguasaan pengetahuan, keterampilan dan keahlian tertentu yang berlangsung bagi semua manusia pada semua usia.
Berikut ini adalah soal dan jawaban post test modul 1 bagian 2. Ada 12 soal.
1. Ki Hajar Dewantara mendefinisikan “Pendidikan” sebagai “tuntunan”. Artinya…
D. Tuntunan dalam hidup tumbuhnya murid sesuai dengan kodratnya
2. Apa definisi “mendidik” yang paling tepat menurut Ki Hadjar Dewantara?
A. Menuntun segala kodrat yang ada pada murid, agar mereka dapat mencapai keselamatan dan kebahagiaan yang setinggi-tingginya, baik itu sebagai manusia maupun anggota masyarakat.
3. Berikut ini adalah bentuk praktik pengajaran, kecuali:
B. Guru mengamati minat murid terhadap puisi.
4. Menurut Ki Hadjar Dewantara, …. merupakan cara menyampaikan ilmu atau manfaat bagi hidup anak-anak secara lahir maupun batin.
D. Pengajaran.
5. Menurut Ki Hadjar Dewantara, salah satu hasil dari “tuntunan” orang dewasa terhadap kekuatan-kekuatan yang dimiliki murid adalah …
B. Akal budi yang berkembang.
6. Berikut pernyataan yang sesuai terkait pemahaman terhadap kata “pendidikan” dan “pengajaran” menurut Ki Hadjar Dewantara…
C. Pengajaran adalah salah satu bagian dari pendidikan
7. Hanya fokus pada orientasi kognitif dalam pembelajaran dapat menyebabkan…
B. Perkembangan kecakapan emosi dan sosial murid terabaikan
8. Menurut Ki Hadjar Dewantara, sistem pendidikan barat mengedepankan rasion dan ilmu pengetahuan tanpa adanya . . .
D. Pendidikan emosional dan olah rasa
9. Dasar utama yang dicita-citakan Ki Hadjar Dewantara untuk mencapai keluhuran manusia, nusa dan bangsa adalah kemerdekaan setiap murid untuk mampu mengatur dirinya sendiri agar seperti tersebut di bawah ini, kecuali…
D. Mengatur orang lain.
10. Sifat pendidikan yang paling sesuai dengan bangsa kita menurut Ki Hadjar Dewantara adalah…
C. Humanis, Kerakyatan dan Kebangsaan
11. Penanda manusia merdeka menurut Ki Hadjar Dewantara adalah berikut ini kecuali…
C. Beriman
12. Pengembangan budi pekerti (olah rasa, karakter), pikiran (olah pikir) dan jasmani (olah raga) murid melalui pendidikan tidak dapat dipisahkan, karena…
B. Membuat diri murid menjadi seimbang.
Modul 1 bagian 3: Mendampingi Murid dengan Utuh dan Menyeluruh
Dasar pendidikan yang berkaitan dengan “sifat” dan “bentuk” dimana murid berada disebut: Kodrat Alam
Kodrat Keadaan merupakan …
Bagian yang tidak terpisahkan dari dasar pendidikan murid
Refleksi
Dengan kemajuan teknologi saat ini, media apa yang akan Anda gunakan untuk mengasah keterampilan abad ke-21 murid Anda?
Media LMS maupun CMS. Dalam Learning management system banyak pilihan seperti google classroom, edmodo, zenius dll. Untuk CMS, menggunakan website sekolah dengan ragam literasi yang memenuhi kebutuhan siswa
ASAS TRIKON
Pembelajaran murid sebaiknya berkesinambungan dari waktu ke waktu. Dalam asas trikon, pernyataan tersebut merupakan asas?
C. Kontinuitas
Refleksi Trikon
Proses pembelajaran seperti apa yang ingin Anda perbaiki dengan menggunakan asas Trikon?
Bentuk pembelajaran menyesuaikan dengan Lingkungan sekolah, misal karena berada di daerah pantai, saya dapat mengajak murid untuk menanam pohon bakau untuk mencegah abrasi, hal ini dapat meningkatkan kesadaran peserta didik dengan lingkungannya
POST TEST
1. Menurut Ki Hadjar Dewantara, kodrat keadaan terdiri dari…
A. Kodrat alam dan kodrat zaman.
B. Kodrat alam dan kodrat dunia.
C. Kodrat zaman dan kodrat dunia.
D. Kodrat dunia dan kodrat akhirat.
2. Apa saja yang sangat dibutuhkan murid untuk membantu mereka menguatkan kekuatan-kekuatan kodratnya?
A. Pembelajaran kontekstual dan lingkungan yang mendukung.
B. Peran guru sebagai fasilitator dan lingkungan yang mendukung.
C. Peran guru sebagai fasilitator dan pembelajaran kontekstual.
D. Keterampilan hidup dan peran guru sebagai penghubung.
3. Kebudayaan menuju arah kesatuan kebudayaan dunia (kemanusiaan) merupakan penjelasan dari…
A. Kontunuitas
B. Konvensi
C. Konvergen
D. Konsentris
4. Saat ini guru bukan lagi sebagai satu-satunya sumber belajar murid. Lalu apa yang dapat guru lakukan?
A. Guru dapat berperan sebagai sumber instruksi pembelajaran mandiri.
B. Guru dapat berperan sebagai pengawas proses belajar di sekolah.
C. Guru dapat berperan sebagai penghubung murid dengan sumber belajar di sekitar murid.
D. Guru dapat berperan mencitpatakan tujuan belajar murid untuk mencerdaskan bangsa.
5. Selain peran guru sebagai penghubung, hal berikut juga dibutuhkan murid untuk membantu mereka menguatkan kekuatan-kekuatan kodratnya…
A. Pembelajaran mandiri
B. Pembelajaran praktis
C. Pembelajaran demokratis
D. Pembelajaran kontekstual
6. Murid sebagai individu yang unik sejatinya mendapatkan tuntunan yang sesuai dengan…
A. Minat dan potensinya
B. Tuntutan masa depan
C. Target belajar di sekolah
D. Kebutuhan lingkungannya
7. Berikut ini merupakan kemampuan yang harus dimiliki pendidik terkait potensi yang ada pada setiap murid …
A. Kepekaan dalam mengidentifikasi potensi yang ada pada setiap murid.
B. Kepekaan dalam menentukan potensi untuk setiap murid
C. Menemukan dan menggali potensi kesenian yang ada pada setiap murid.
D. Semangat dalam mengintervensi minat yang ada pada setiap murid.
8. Berikut ini adalah contoh kegiatan yang tepat dalam merespon keunikan potensi yang ada dalam setiap murid…
A. Melakukan ujian sumatif mata pelajaran Seni Budaya
B. Memberikan ruang untuk mengembangkan keunikan potensi murid
C. Menyarankan murid untuk masuk penjurusan IPS
D. Mengharuskan murid untuk bergabung kedalam ekskul teater
9. Salah satu prinsip dalam melakukan perubahan berkaitan dengan kemajuan kebudayaan yang dilakukan secara berkesinambungan dan terus menerus. Prinsip tersebut adalah…
A. Kontinyu
B. Konvensi
C. Konvergen
D. Konsentris
10. Berikut adalah manfaat pembelajar sepanjang hayat yang dapat dimiliki, kecuali…
A. Mengoptimalkan potensi diri
B. Meningkatkan kualaitas hidup secara berkesinambungan
C. Hidup dengan minimalis dan secukupnya
D. Menghadapi tantangan masa depan dan mengubahnya menjadi peluang
Modul 1 bagian 4: Mendidik dan Melatih Kecerdasan Budi Pekerti
Budi Pekerti
Teori Konvergensi dan Pengaruh Pendidikan
KHD tidak serta merta menggunakan teori-teori barat dalam pendidikan nasional. Beliau dengan cermat mengiidentifikasi teori-teori yang sesuai dengan kepribadian bangsa.
Video ini mengajak kita belajar bersama bagaimana Ki Hadjar Dewantara menggunakan teori konvergensi dan pengaruhnya terhadap sistem pendidikan nasional.
Referensi:
Ki Hadjar Dewantara – Ki Hadjar Dewantara (Pemikiran, Konsepsi, Keteladanan, Sikap Merdeka). Cetakan ke 5: 2013.
Penerbit: Universitas Sarjanawiyata Taman Siswa bekerja sama dengan Majelis Luhur Persatuan Taman Siswa 2013.
Modul 1 bagian 5: Pendidikan yang Mengantarkan Keselamatan dan Kebahagiaan
Selamat dan Bahagia
Sistem Among
Merdeka Belajar Abad 21
Referensi:
Ki Hadjar Dewantara – Ki Hadjar Dewantara (Pemikiran, Konsepsi, Keteladanan, Sikap Merdeka). Cetakan ke 5: 2013.
Penerbit: Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa bekerja sama dengan Majelis Luhur Persatuan Taman Siswa 2013
Latihan Pemahaman
1. Berikut ini merupakan pernyataan yang pendidik sebaiknya pahami, kecuali…..
a. Setiap murid memiliki kodrat dan kekuatan/potensi yang berbeda-beda
b. Pendidikan hanyalah sebagai tuntunan.
c. Pendidik dapat berkehendak atas kodrat kekuatan dan potensi murid
d. Mendidik adalah menuntun murid untuk selamat dan bahagia.
2. Ada dua hal yang menjadi dasar sistem among, yaitu…..
a. momong dan ngemong
b. kodrat alam dan kodrat zaman
c. kodrat alam dan kemerdekaan murid
d. kemerdekaan murid dan tut wuri handayani
3. Mana yang merupakan metode pembelajaran mendukung Merdeka Belajar Abad 21?
a. ceramah
b. dikte
c. proyek
d. semua benar
REFLEKSI
Jika kembali ke semester yang lalu, materi dan pemahanan bermakna apa yang ingin Anda sampaikan kepada murid-murid?
Membimbing Murid, memperbaiki bangsa
Peran Keluarga, Sekolah dan Masyarakat
Referensi:
Ki Hadjar Dewantara – Ki Hadjar Dewantara (Pemikiran, Konsepsi, Keteladanan, Sikap Merdeka). Cetakan ke 5: 2013.
Penerbit: Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa bekerja sama dengan Majelis Luhur Persatuan Taman Siswa 2013
Latihan Pemahaman
Pengembangan karakter kadang tertutupi oleh pengembangan kecerdasan kognitif dalam pembelajaran. Berikut ini yang merupakan ciri khas karakter bangsa yang dapat diwariskan oleh guru adalah….
a. mementingkan kepentingan diri sendiri.
b. mengesampingkan nilai dan norma masyarakat
c. gotong royong dan bekerja sama
d. patuh dan taat terhadap orang kaya
Prinsip kolaborasi antara satuan pendidikan, keluarga, dan masyarakat menjadi kunci kemajuan capaian belajar murid. Berikut ini manakah yang merupakan contoh kolaborasi tersebut?a. orang tua menyerahkan hasil belajar murid kepada guru.b. Sekolah menyediakan sumber belajar yang ada di sekitarnya (orang tua dan komunitas)c. Masyarakat menganggap guru sebagai sumber belajar yang utamad. Melibatkan masyarakat ketika membutuhkan pencairan dana BOS saja.
REFLEKSI
Siapa saja yang sudah anda libatkan dalam pembelajaran saat ini? (dapat menyebutkan lebih dari lebih dari 1)
Contoh: Rekan sejawat, orang tua, dan lingkungan masyarakat.
POST TEST
1. Dalam menilai pemahaman murid, pendidik sebaiknya…..
a. Menggunakan alat pengukuran lalu menyimpulkannya
b. Menggunakan alat pengukuran dengan melibatkan murid untuk merefleksikan pemahaman dari pengalaman belajarnya.
c. Menggunakan alat pengukuran yang dibuat oleh murid.
d. Menggunakan alat pengukuran yang objektif dan dapat diukur dengan jelas.
2. Fungsi pendidikan akan berjalan sesuai dengan apa yang dicita-citakan oleh Ki Hadjar Dewantara jika kita sebagai pendidik memiliki beberapa pemahaman di bawah ini, kecuali?
a. Setiap murid memiliki kodrat.
b. Pendidikan hanyalah sebagai tuntunan
c. Mendidik adalah menuntun murid untuk selamat dan bahagia.
d. Pendidik dapat berkehendak atas kodrat kekuatan atau potensi murid.
3. Ing ngarso sung tulodo yang menjadi salah satu bagian dari “Sistem Among”, artinya…
a. di depan memberi teladan.
b. di tengah membangun kehendak.
c. di tengah membangun kehendak.
d. di samping menjadi teman.
4. Pada abad ke-21, kemampuan memecahkan masalah, kemampuan kognitif yang kompleks, dan kemampuan sosial emosional menjadi sangat penting bagi murid maupun guru. Guru diharapkan menjadi contoh bagaimana bisa mengembangkan kemampuan tersebut pada dirinya untuk meneruskannya dalam membantu murid untuk menguasainya. Salah satu kompetensi mendasar yang menunjang penguasaan kemampuan tersebut adalah…
a. Kompetensi pedagogi
b. Kompetensi pengetahuan
c. Kompetensi sosial
d. Komptensi literasi.
5. Sesuai pesan Ki Hadjar Dewantara untuk menuntun murid sesuai jamannya, maka guru perlu menumbuhkan pola pikir pembelajar ataun growth mindset yang membuat murid…
a. memiliki keyakinan untuk dapat terus berkembang
b. mau mendalami hal-hal yang disukai saja
c. memiliki keterbukaan untuk berkomunikasi dengan guru-guru yang diinginkan saja
d. mengedepankan kebenaran pendapat pribadi.
6. Murid sebagai pusat pembelajaran sehingga dapat…
a. mengevaluasi dan merefleksikan proses dan capaian belajar.
b. melihat ke segala arah
c. menjadi pusat perhatian
d. memperoleh instruksi langsung dari banyak mata pelajaran.
7. Dalam perkembangan diri seorang anak, yang berkewajiban untuk menjadi teladan sebagai lingkungan terdekatnya adalah…
a. teman di sekolah
b. orang tua dan keluarga
c. masyarakat
d. guru
8. Di bawah ini adalah tiga wadah dasar proses pembentukan pendidikan murid (Tri Sentra Pendidikan) menurut Ki Hadjar Dewantara, kecuali …
a. keluarga
b. diri sendiri
c. pergerakan pemuda
d. perguruan
Luar biasa! Pemahaman Anda sangat baik
Modul ini telah berhasil Anda selesaikan dengan baik dalam waktu singka
(Sequencing DNA) Cara Mengetahui Urutan Adenin, Guanin dan Sitosin Mahluk hidup
Sequencing DNA
Sekuensing DNA atau pengurutan basa DNA adalah penemuan urutan basa nitrogen (adenin, guanin, sitosin, dan timin) pada sampel DNA. Sekuensing berguna untuk bioteknologi, biologi molekuler, dan genomika. Tahun 1970 merupakan awal pengembangan sekuensing DNA dengan metode kromatografi. Selanjutnya diperkenalkan metode sekuensing DNA dengan menggunakan metode dye-based sequencing Pada awalnya alat untuk membaca urutan basa DNA hanya mampu menentukan urutan basa DNA dengan panjangnya kurang dari 1.000 basa. Oleh sebab itu, dalam sekuensing genom, terlebih dahulu molekul DNA dipotong menjadi ukuran yang lebih kecil agar dapat dibaca dengan alat tersebut. Hasil data urutan DNA kemudian disusun ulang menggunakan program komputer sehingga urutan keseluruhan DNA dalam inti sel dapat diketahui (Franca et al.2002).
Teknologi baru diperlukan untuk mengakselerasi pemanfaatan koleksi sumber daya genetik pada Bank Gen untuk program pemuliaan tanaman. Hal ini dapat dilakukan dengan memperbaiki metode genotyping dan phenotyping serta meningkatkan akses untuk mendapatkan materi genetik yang disimpan pada Bank Gen. Sebelum ditemukannya alat yang mampu membaca urutan DNA secara paralel dalam jumlah besar, perunutan basa-basa DNA (sequencing) memakan waktu, tenaga, dan biaya yang sangat besar (Kling 2005).
Perkembangan teknologi next-generation sequencing (NGS) mengakibatkan revolusi di dalam bidang bioteknologi tanaman, terutama untuk menyediakan data sekuensing yang lebih besar daripada metode sekuensing Sanger. Waktu yang diperlukan untuk mendapatkan data yang sama dapat dipangkas menjadi hanya beberapa bulan serta penurunan biaya sekuensing genom dapat mengatasi masalah dalam genotyping tersebut. Teknologi NGS mempercepat pemetaan sekuen genom acuan (reference genome sequence) dari berbagai spesies tanaman, dari tanaman model sampai tanaman budi daya yang bernilai ekonomi tinggi, dari tanaman model Arabidopsis thaliana sampai tanaman yang berukuran genom besar dan kompleks seperti jagung, kelapa sawit, kedelai, tebu, dan gandum. Sampai saat ini, setidaknya 39 spesies tanaman telah tersedia peta genom acuannya (Dhanapal 2012; Van et al. 2013).
Metode sekuensing DNA yang pertama kali digunakan adalah metode sekuensing Maxam-Gilbert merupakan metode sekuensing DNA pertama yang memanfaatkan bahan kimia untuk separasi dan penandaan urutan basa. Metode ini memanfaatkan fosfat radioaktif untuk melabeli ujung 3’ DNA yang akan disekuensing. Fragmen DNA berlabel di ujung 3’ dikenai pembelahan acak pada posisi adenin, timin, guanin, dan sitosin dengan memanfaatkan agen kimia tertentu. Reaksi kimia terhadap komponen basa didasari oleh tiga komponen kunci, yakni modifikasi basa, penghilangan basa yang telah dimodifikasi dari gula, dan pemutusan strand DNA pada posisi gulanya. Empat reaksi produk lalu diseparsi dengan elektroporesis gel poliakrilamit. Sekuen akan mudah untuk dibaca ada empat lajur gel.
Setelah metode sekuensing Maxam-Gilbert, ditemukan metode Sanger (Sanger dideoxy sequencing). Sekuensing Sanger terkenal karena akurasi dan panjang pembacaannya (800–1.000 bp) telah mendominasi selama hampir 30 tahun sebagai metode baku untuk analisis genotipe. Metode ini menggunakan DNA templat dan memerlukan primer spesifik untuk reaksi sekuensing (Sanger et al. 1997). Keterbatasan dalam sekuensing Sanger dapat diatasi dengan metode NGS, antara lain NGS dapat menganalisis urutan dari satu kromosom, cost efective untuk sampel dalam jumlah besar, dan juga high-throuhgput. Tulisan ini bertujuan untuk mengulas perbedaan beberapa pemanfaatan teknologi sekuensing DNA secara efisien dan efektif untuk menunjang program pemuliaan tanaman.
METODE SEKUENSING
Metode Maxam Gilbert
Metode sekuensing Maxam-Gilbert merupakan metode sekuensing DNA pertama yang memanfaatkan bahan kimia untuk separasi dan penandaan urutan basa. Metode ini memanfaatkan fosfat radioaktif untuk melabeli ujung 3’ DNA yang akan disekuensing. Fragmen DNA berlabel di ujung 3’ dikenai pembelahan acak pada posisi adenin, timin, guanin, dan sitosin dengan memanfaatkan agen kimia tertentu. Reaksi kimia terhadap komponen basa didasari oleh tiga komponen kunci, yakni modifikasi basa, penghilangan basa yang telah dimodifikasi dari gula, dan pemutusan strand DNA pada posisi gulanya. Empat reaksi produk lalu diseparsi dengan elektroporesis gel poliakrilamit. Sekuen akan mudah untuk dibaca ada empat lajur gel.
Prinsip metode ini yaitu separasi basa berdasarkan struktur kimia. Penggunaan bahan kimia untuk degradasi berdasarkan pada struktur setiap basa. Setiap basa didegradasi secara spesifik sehingga dapat menampilkan pita spesifik pada setiap urutan dalam gel poliakrilamit. Setiap reaksi seragam pada sekuen yang sama. Proses detail dalam metode Maxam-Gilbert yaitu separasi dengan bahan kimia, sintesis pertukaran [γ-32P] ATP, pelabelan pada ujung 5’, pelabelan pada ujung 3’, separasi stran, perlakuan gel elution, metilasi purin, pemisahan guanin dan adenin, pemisahan timin dan sitosin dan visualisasi.
Bahan kimia yang digunakan dalam separasi yaitu dimetil sulfa. Senyawa ini berfungsi memitilasi guanin pada DNA posisi N7 dan adenin pada N3. Ikatan glycosidic pada methylated purine tidak stabil dan mudah dirusak oleh pemanasan pada pH netral sehingga menghasilkan gula yang bebas. Pelakuan dengan 0.1 M alkali pada 90 oC dapat memisahkan gula dari fosfat. Ketika proses telah menghasilkan fragmen DNA berlabel pada poliakrilamit, autoradiograph akan memancarkan pita gelap dan pita tipis. Pita gelap muncul dari menghancuran guanin yang termetilasi 5-fold lebih cepat dibanding adenin. Pola Strong guanin/weak adenine mengandung hampir setengah informasi sekuensing. Untuk menentukan urutan basa, Maxam & Gilbert (1977) melakukan pembandingan informasi yang terkandung pada kolom yang berbeda.
Peningkatan pemisahan adenin melalui ikatan glycosidic methylated adenosine kurang stabil dibanding dari ikatan methylated guanosianine. Pemisahan dilakukan dengan alkali sehingga menghasilkan pita gelap dan tipis. Pita gelap menandakan adenin, pita tipis menandakan guanin. Pemisahan sitosin dan timin melalui hidrazine bereaksi dengan timin dan sitosin, yang mana bersifat destruktif dan dapat meninggalkan bosylurea. Reaksi lanjut dari dari hydrazine dapat menghasilkan hydrazone. Setelah, setengah proses hydrazinolysis pada 15018 M hidrazine cair pada 20 oC. DNA dipisah pada 0.5 M piperidin. Siklus secondary amine, sebagai bebas basa, menggantukan semua produk reaksi hydrazine dari gula dan katalis β-elimination pada fosfor. Penampakan final mengandung pita yang sama antara sitosin dan timin.
Sintesis pertukaran [γ-32P] ATP menggunakan dialyze glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase yang mengandung amonium sulfat dengan Tris.HCl, mercaptothanol, EDTA, dialyze 3-phosphoglycerate kinase dengan larutan NAD+. Dialyzed dehydrogenase dikombinasi dengan dialyzed kinase, sedimen dilarutkan ulang pada pellet lalu didestilasi oleh air dua kali untuk menghilangkan ammonium sulfat. Setelah itu digunakan EDTA untuk mengurangi glutathionine dan garam setelah penambahan larutan destilat. Reaksi dilanjutkan dengan mengikuti reaksi charmography pada PEI Selulosa. Proses setelahnya adalah dengan penambahan EDTA dan pemanasan untuk menonaktifkan enzim, yang dilanjutkan dengan penambahan etanol sebelum disimpan pada minus -20 oC.
Peroses pelabelan dimulai dengan pelabelan pada ujung 5’. Fosforilasi ujung 5’ meliputi denaturasi dengan spermidine untuk meningkatkan hasil 15-fold dengan fragmen flush-end. Pada prosesnya, dilakukan pencampuran DNA terfosforilasi, glisin NaOH, spermidine yang kemudian dipanaskan dan didinginkan. Selanjutnya dilakukan penambahan glisine NaOH, MgCl2, dithiothreitol, [γ-32P] ATP dan beberapa unit polinukleatida kinase. Pemanasan dan penambahan amonium asetat, tRNA dan etanol, lalu dicampurkan dan didinginkan. Sentrifugasi dilakukan pada 12.000x g untuk menghilangkan supernatan lalu dikeringkan.
Pelabelan pada ujung 3’ dilakukan dengan proses [α-32P] ATP dan terminal transferase digunakan untuk adenylate. Larutkan DNA dengan Tris.HCl, EDTA dilakukan pemanasan dan pendinginan. selanjuttnya dilakukan penambahan sodium cacodylate, CoCl2, lalu dicampur dithiothereitol, [α-32P] ATP, dan beberapa unit terminal transferase. Pemanasan dan penambahan amonium asetat, tRNA, etanol untuk kemudian dipresipitasi, sentrifugasi, dibersihkan dan dikeringkan. Larutkan pellet yang diperoleh dicampur EDTA lalu dipanaskan dan ditambahkan glyserol untuk pewarnaan juga untuk pemisahan strand.
Pemisahan utas stran basa menggunkan larutkan DNA dengan NaOH, glyserol, EDTA, xylene cyanol/, bromphenol biru. Bahan dimasukkan pada poliakrilamit, bisacrylamit, Tris.borate, EDTA dan elektroporesis. Gel yang digunakan adalah gel yang tebal dengan slot yang luas. Elusin gel dilakukan dengan penghalusan gel agar dapat dicampur dan dituangkan bersama siliconized 5-mm glass rod, penambahan amonium asetat, magnesium asetat, sodium dedocyl dan EDTA, kemudian ditutup dengan parafin.
Selanjutya dilakukan metilasi purin sebagian. Proses ini dilakuakn dengan penggabungan sonicated DNA yang membawa DNA dengan 32P-end-labeled DNA, sodium cocodylate, MgCl2, EDTA, dicampur, didinginkan lalu diberi penambahan metyl sulfat dan pemanasan. pemberhentian reaksi dilakuakn dengan penambahan larutan stop dan tRNA, lalu ditambahkan dengan 750 etanol, didinginkan lalu spin dan presipitasikan. Pemisahan guanin melalui proses DNA termetilasi dilarutkan pada sodium pospat, EDTA, dan koleksi cairan yang terdapat pada bawah tube dengan pemutaran. Setelah dipanaskan dan dispin dilakukan penambahan NaOH dan urea-dye.
Pemisahan strong guanine/weak adenin dilakukan dengan DNA termetilasi dilarutkan pada sodium pospat, EDTA, dan koleksi cairan yang terdapat pada bawah tube dengan pemutaran. Setelah dipanaskan dan dispin di tambahkan NaOH dan urea-dye. Selannjutnya dilakukan strong adenin/weak guanin dengan mengguakan DNA termetilasi dilarutkan pada air destilasi. Didinginkan lalu ditambahkan HCl dan didingankan. Setelah dua hari, dilakukan penambahan sodium asetat dan etanol. Larutkan dengan NaOH, EDTA dan panaskan lalu tambahkan urea-dye. Pemisahan alternatif guanin menggunakan DNA termetilasi dilarutkan dengan piperidin. Reaksi membuka 7-MeG ikatan glycosidic, lalu dipindahkan pada ring-opned dari gula, mengeliminasi pada kedua fosfat untuk memisahkan DNA dimanapun G termetilasi. Lalu larutkan residu, NaOH, EDTA dan disiapkan pada gel.
Pemisahan alternatif strong adenin/weak sitosin menggunakan kombinasi NaOH, EDTA dengan DNA dan 32P-end label DNA. Strong alkali membuka adenin dan cincin sitosin. Lalu membuka cincin dan digantikan dengan fosfat dan mengeliminasi dengan piperidin. Larutkan pellet dengan piperidin. Selanjutnya lyophilize dua kali yang ditambahkan urea-dye. Pemisahan timin dan sitosin menggunakan kombinasi dengan air destilat, DNA, dan 32P end-labeled DNA. Penambahan hidrazine dilakukan dan selanjutnya dipisah pada piperidin. Siklus secondary amine, sebagai bebas basa, menggantukan semua produk reaksi hydrazine dari gula dan katalis β-limination pada fosfor. Pemisahan timin dilakukan dengan penggantian air pada reaksi hydrazinolysis dengan NaCl, lalu tambahkan pirimidin agar muncul pita timin. Waktu reaksi bersifat stabil dan sama dari satu reaksi ke reaksi lainnya. Produk yang dihasilkan sebanyak 1-100 basa dalam satu kali reaksi. Contoh hasil sekuensing metode Maxam-Gilbert telihat pada Gambar 1.
Gambar 1 Contoh hasil sekuensing metode Maxam-Gilbert (Sumber: Maxam & Gilbert (1977))
Teknik Medode Sanger
Metode sanger menggunaan berbagai komponen yaitu DNA utas tunggal dalam sebagai template DNA, primer yang sesuai (sepotong kecil DNA yang berpasangan dengan template DNA yang berfungsi sebagai starting point untuk replikasi, DNA polymerase (enzim yang mengkopi DNA selanjutnya menambahkan nukleotida baru ke ujung 3 dari template), nukeotida normal dan dideoxynucleotide yang dilabel (radioaktif atau dengan pewarna fluorescent (Sangger 1997).
Tahapan metode sekuensing Sanger yang pertama adalah menyediakan dsDNA (double strand DNA), dsDNA (double strand DNA) dipotong menjadi ssDNA (single strand DNA), ssDNA hasil potongan dari dsDNA sebelumya dijadikan sebagai template (cetakan) DNA. Bahan yang digunakan untuk sekuensing adalah template DNA sebagai cetakan, primer sebagai landasan yang mengenal situs spesifik pada DNA template untuk memulai proses polymerase, dNTP (deoksi nukleotida tri phospat) sebagai sumber nukleotida pada proses polymerase sekuensing yang terdiri atas 5 jenis, yaitu dATP (deoksi adenin tri phospat), dGTP (deoksi guanin tri phospat), dUTP (deoksi urasil tri phospat), dCTP (deoksi citosin tri phospat), dan dTTP (deoksi timin tri phospat). ddNTP (dideoksi nukleotida tri phospat) berfungsi untuk menghentikan/terminasi proses enzim polymerase, sehingga proses perbanyakan nukleotida terhenti. Enzim polymerase berfungsi untuk reaksi polimerisasi atau perbanyakan nukleotida. Kemudian masing-masing tabung reaksi diberikan ddNTP, yaitu ddGTP, ddCTP, ddATP, dan ddTTP selannjutnya masing-masing tabung diisi dengan dNTP, sebagai sumber nukleotida pada proses polimerasi yaitu dGTP, dCTP, dATP, dan dTTP. dNTP dimasukkakn ke dalam tabung reaksi ditambahkan primer ke dalam tabung reaksi. Primer berfungsi mengenali situs spesifik pada DNA template, juga berfungsi sebagai landasan/pijakan untuk memulai polimerisasi. Kemudian ditambahkan enzim polimerase (taq-polymerase) untuk memulai proses polimerisasi.
Enzim polymerase mengkatalisis pembentukan polinukleotida dari nukleotida dNTP (deoksi nukleotida tri phospat), enzim taq-polymerase mengkatalisis pembentukan ikatan antara nukleotida, deoksi-nukleotida (ddNTP) akan berikatan dengan polimer nukleotida dengan adanya ddNTP (deoksinukleotida) mengakibatkan terhentinya/terminasi proses polimerase, sehingga dihasilkan rantai polinukleotida yang berbeda panjangnya. Penggunaan ddNTP menghasilkan beberapa rantai polinukleotida berbeda, kemudian dari tabung reaksi tersebut dipersiapkan untuk di alirkan pada gel agarosa yang mengakibatkan perbedaan letak pada gel agarosa. Polinukleotida yang paling pendek bermigrasi/pergerakannya paling cepat pada gel agarosa. Hasil pembacaan sekeuensing dari arah 5’ ke 3’ adalah rantai kompemen, yaitu 5’ AGCCGATCC 3’. Sehingga DNA templatenya adalah 5’ GGATCGGCT 3’
Next Generation Sequencing (NGS)
Generasi kedua teknologi sekuensing setelah generasi pertama Sanger dikenal dengan next generation sequencing (NGS). Istilah NGS secara kolektif digunakan untuk mendeskripsikan semua teknologi sekuensing selain teknologi sekuensing Sanger. Teknologi NGS membaca templat DNA secara acak (random) sepanjang seluruh genom dengan membuat potongan-potongan pendek DNA genom, kemudian menyambungkannya dengan adapter (potongan DNA pendek yang didesain khusus untuk tujuan ini) agar dapat dibaca oleh mesin NGS secara random selama proses sintesis DNA. Dengan demikian, teknologi NGS sering disebut dengan sekuensing paralel secara masif. Panjang bacaan sekuen DNA yang dihasilkan mesin NGS jauh lebih pendek dibandingkan bila menggunakan mesin sekuensing dengan metode Sanger (Paterson 2010).
NGS menghasilkan panjang sekuen DNA antara 50-500 bp. Karena sekuen yang dihasilkan NGS pendek, sekuensing setiap fragmen DNA mesti dilakukan lebih dari sekali ukuran genom (genome sequence coverage). Sebagai contoh, bila sequence coverage suatu genom 30 kali berarti fragmen-fragmen DNA pada genom tersebut disekuen 30 kali sehingga setiap fragmen DNA dalam genom dibaca mesin 30 kali. Hal ini dilakukan untuk menjaga akurasi data hasil sekuensing.
Penerapan inovasi teknologi NGS sangatlah cepat sama sekarang. Teknologi NGS yang bekembang sekarang dibagi tiga yaitu Roche/454 pyrosequencing platform, Illumina Solexa polymerase sequencing platform, dan ABI/SOLID ligase sequencing technology. Dibandingkan dengan metode sekuensing Sanger, ketiga teknologi NGS ini menghasilkan data sekuen yang jauh lebih banyak dalam sekali menjalankan alat. Dengan demikian, alat ini dikenal dengan high throughput sequencing platforms (Ansorge 2009). Prinsip dasar ketiga alat NGS tersebut berbeda, baik dalam menghasilkan data sekuen, kualitas data yang dihasilkan maupun biaya sekuensing (Tabel 1). Alat Roche/454 menghasilkan data sekuen terpanjang, tetapi kuantitas data sekuennya terendah (lowest throughput). Jumlah sekuen basa yang dihasilkan Illumina/Solexa tertinggi (highest throughput), tetapi panjang bacaannya hanya sekitar 100 basa. Panjang bacaan yang dihasilkan ABI/SOLID terpendek, hanya sekitar 50 basa, tetapi tingkat kesalahan pembacaan DNA pada proses sekuensing (error rate) paling rendah.
Teknologi NGS merupakan revolusi metode sekuensing dan menghasilkan data sekuen yang luar biasa besar dalam waktu relatif singkat dibandingkan dengan metode sekuensing Sanger. Oleh karena itu, diperlukan sumber daya teknologi informasi dan ahli bioinformatika untuk menganalisis data yang dihasilkan sehingga bermanfaat untuk mendukung program pemuliaan tanaman bernilai ekonomi tinggi. NGS menggunakan dua macam metode yaitu pertama dengan pencaran cahaya – pyrosequencing seperti 454 sekuensing (Gambar 1)
Gambar 1 Sekunsing dengan light emission – Pyrosequencing
Metode kedua yang dapat digunakan dalam NGS yaitu sekunsing permukaan (sequencing on surfaces) – polony sequencing. Metoni ini menguanakan koloni PCR pada permukaan (poloni), penggunaan matriks akrilamida untuk separasi utas basa-basa nukleotida, penggunaan DNA sangat encer, siklus penggabungan nukleotida fluoresen dan pembacaan sekitar 20-25 nukleotida per poloni (Gambar 2).
Gambar 2 sekunsing permukaan (sequencing on surfaces) – polony sequencing.
Pyrosekunsing adalah tenik pemetaan DNA berdasarkan deteksi pirofosfat (PPi) yang dilepaskan selama sintesis DNA. Teknik ini memanfaatkan reaksi enzimatik yang dikatalisis oleh ATP sulfurilase dan lucifelirase untuk pirofosfat inorganik yang dilepaskan selama penambahan nukleotida. Perkembangan teknik ini dimulai pada 1990 oleh Mostafa Ronaghi dari Royal Institute of Technology, Stockholm.
Prinsip metode sekuensing DNA ini bekerja berdasarkan urutan nuklotida dalam DNA dengan menggunakan prinsip sekuensi dari sintesis DNA. Teknik pyrosequencing menggunakan DNA yang diimobilisasi dalam fase solid dan diberi perlakuan dengan sistemenzim. Teknik ini dilakukan dengan penambahan nukleotida yang berbeda secara berurutan kemudian cahaya yang dihasilkan dapat dideteksi untuk mengetahui di mana letak nukleotida dengan jenis tersebut berada, dilanjutkan dengan penambahan nukleotida berikutnya dan terus berulang-ulang hingga seluruh sekuen DNA terpetakan. Oleh karena itu pada teknik ini diperlukan proses pencucian di antara penambahan basa nukleotida untuk menghilangkan nukleotida pada proses sebelumnya. Untaian tunggal yang akan disekuensing akan mensintesis untai komplemennya dengan enzim DNA polimerase dalam proses sintesis untai komplemen dideteksi dengan menggunakan enzim kemiluminesens, di mana akan dihasilkan cahaya ketika penambahan nukleotida ke DNA template dan cahaya tersebut yang akan diinterpretasikan sebagai sekuen hasil. Mekanisme pyrosekunsing terlihat pada Gambar 3 (Fakruddin 2013).
Gambar 3 Skema Pyrosequencing
Teknologi sekuensing illumina menggunakan metode sekuensing sintesis dimulai sejak 2010. Teknik ini berkerja dalam tiga proses dasar: memperbanyak sekuen/amplifikasi, pengurutan, dan menganalisis. Prosesnya dimulai dengan DNA yang dimurnikan. DNA akan dipotong kecil-kecil dan diberi adaptor, indeks dan jenis modifikasi molekuler lainnya yang bertindak sebagai titik referensi selama amplifikasi, sekuensing, dan analisis. DNA yang dimodifikasi dimuat ke chip khusus di mana amplifikasi dan sekuensing akan berlangsung. Sepanjang bagian bawah chip adalah ratusan ribu oligonukleotida (potongan DNA sintetis pendek).
Oligonukleotida akan berintraksi dengan fragmen DNA yang memiliki urutan komplementer. Jika terjadi penempelan oligonukleotida dengan DNA maka akan terjadi proses klasterilisasi. Selanjutnya, primer dan nukleotida yang dimodifikasi masuk ke chip. Nukleotida-nukleotida ini memiliki blokade reversibel 3′ yang memaksa primer untuk menambahkan hanya satu nukleotida pada suatu waktu dan juga tag fluoresen. Setelah setiap putaran sintesis, kamera mengambil gambar chip. Komputer menentukan basis apa yang ditambahkan oleh panjang gelombang dari tag fluoresensi dan mencatatnya untuk setiap titik pada chip. Setelah setiap putaran, molekul-molekul yang tidak dimasukkan dicuci. Proses ini berlanjut hingga molekul DNA lengkap diurutkan. Proses ilumina sekuensing terlihat pada Gambar 4-6 (Ansorge 2009).
Gambar 4 Proses illumina sekuensing. (A). DNA fragmen, (B). Memperbaiki ujung dan menambah A, (C). Adaptor ligase dan (D). Penentuan DNA ligase
Gambar 5 Proses illumina sekuensing. (E). Pelekatan ujung DNA, (F). Amplifiaksi, (G). Hasil klaster dan (H). Penempelan primer
Gambar 6 Proses illumina sekuensing. (I). Perpanjangan (J). Pengulanggan langkah (I) untuk pembacaan dan (K). Hasil akhir urutan sekuen
SOLiD sekunsing atau sering disebut Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection (SOLiD) adalah metode sekuensing yang telah tersedia sejak tahun 2006. Metode ini menggunkan metode sekuensing ligasi dan dilakukan dengan persiapan template dari emulsi PCR. Metode ini memiliki kesamaan dengan metode pyrosekunsing yaitu melakukan perbanyakan sekuen. Perbedaanya adalah manik-manik sekuen ditempatkan pada fase padat sehingga mempunyai sensitas yang lebih besar. Selanjutnya probe dinukleotida yang berlabel flulosense dimasukkan ke DNA template. Hasil fluoresensi ditangkap dan direkam untuk menentukan urutan basa. Mekanisme sekuensing SOLiD terlihat pada Gambar 7 (Voelkerdlng 2009).
Gambar 7 Proses SOLiD sekuensing. (A) Adaptor P1 dengan primer menempel ke template DNA, (B) Fluoresensi dicatat, (C) Annealing dan ligasi probe berikutnya. (D) Ekstensi lengkap dari primer (n) dan (E) Produk yang diperpanjang dari primer (n) didenaturasi dari adaptor/template.
DAFTAR PUSTAKA
Ansorge W. 2009. Next generation DNA sequencing technigues. Elsevier. 25(4): 195-204
Dhanapal AP. 2012. Genomics of crop plant genetic resources. Adv. Biosci. Biotechnol. 3: 378–385.
Fakruddin, Mazumdar R, Chowdgury A, Hossain N, Mahajan S dan Islam S. 2013. Pyrosequencing a next generation sequencing technologi. World Applied Sciences Journal. 24(12): 155-1571
Franca LTC, Carrilho dan Kist T. 2002. A review of DNA sequencing techniques. Quaterly Reviews of Biophysics. 35: 169–200.
Kling J. 2005. The search for sequencing through bred. Nat. Biotechnol. 23: 1333–1335.
Maxam AM, W Gilbert. 1977. A new method for sequencing DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. 74(2): 560-564.
Paterson AH., Freeling M, Tang H dan Wang X. 2010. Insights from the comparison of plant genome sequences. Annu. Rev. Plant Biol. 61: 349–372.
Sanger F, Nicklen dan Coulson. 1997. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc. Nat. Acad. Sci. 74: 5463–5467.
Van K, Rastogi KH, Kim dan Lee S. 2013. Next-generation sequencing technology for crop improvement. SABRAO J. Breed. Genet. 45(1): 84–99.
Voelkerdlng KV, Dames S dan Durtschi J. 2009. Next generation sequensing: from basix research to diagnostic. Clinical Chemistry. 55(4): 641-658.
5 Pilar Kepemimpinan
Pilar Kepemimpinan
Belum pernah terjadi dalam sejarah umat manusia, masyarakat melihat adanya kebutuhan mendesak bagi kepemimpinan. Pemimpin yang mempunyai kemapuan yang efektif telah bersenang-senang menikmati kekuasaan, perusahaan dan jabatan politik tingkat tinggi. Kondisi saat ini dalam masyarakat, mereka sangat membutuhkan kepemimpinan yang peduli dan berkualitas tetapi hal ini tidak mereka rasakan secara langsung. Kepemimpinan mempunyai landasan dasar yang utama disebut juga dengan pilar kepemimpinan.
Pilar pertama : Pemikiran yang terkristalisasi
Pilar kedua : Rencana dan keseimbangan
Pilar ketiga : Semangat dan hasrat
Pilar keempat : Keyakinan dan kepercayaan
Pilar kelima : Komitmen dan tanggung jawab
Hal yang perlu diketahui untuk mengatasi masalah di lingkungan masyarakat adalah masalah yang kita hadapi dewasa ini tidak dapat diselesaikan dengan tingkat pemikiran yang sama dengan tingkat pemikiran yang menciptakan masalah tersebut.
BIAYA HIDUP DI KAMPUS INSTITUT PERTANIAN BOGOR (IPB)
DETAIL BIAYA HIDUP DI KAMPUS IPB
Biaya hidup di kampus diploma/vokasi dan kampus Sarjana memiliki perbedaan, detailnya sebagai berikut
Perbedaan biaya hidup ini di karenakan kampus diploma berada di pusat kota Bogor (Kampus IPB Cilibende sebagai pusat kegiatan pendidikan vokasional diploma dan Kampus IPB Gunung Gede).
sedangkan
Kampus Sarjana/S1 berada di kampus Darmaga (Kampus IPB Dramaga sebagai kantor rektorat dan pusat kegiatan belajar-mengajar S1, S2 dan S3), sekitar 12 kilometer dari pusat kota Bogor. Tapi jgn salah dramaga sudah hampir seheboh dan segaul kota Bogor kok. jadi gk desa2 bgt wkwk
Kita mulai dari
Kampus Dramaga untuk yg Sarjana.
Tahun pertama di IPB semua mahasiswa sarjana wajib asrama selama 1 tahun. Jadi biaya asrama sudah di ambil dari UKTnya. Jadi biaya hidup di tahun pertama :
Makan : 7.000 – 12.000/porsi
jadi 1 hari 3 kali makan selama 1 bulan (30 hari)
7.000 X 3 kali makan X 30 hari = 630.000/bulan
12.000 X 3 kali makan X 30 hari = 1.080.000/bulan
Biaya lain-lain ((foto copy, print, transportasi, hiburan, komunikasi(pulsa, paket) dst )) data berkisar 200.000/bulan
Tahun 2-4 setelah asrama berarti tinggal di Kos/Rumah tinggal sewaan berkisar 2.500.000-7.000.000/tahun, bergantung pada fasilitas kamar dan posisi dari kampus di tambah biaya makan dan lain2 seperti tahun pertama. Agar lebih murah cari kos yg ada dapurnya wkwk.
Biaya hidup di kampus Diploma atau Pusat kota Bogor
Untuk yg program diploma tidak tinggal diasrama jadi langsung nyari Kos/Rumah tinggal sewaan berkisar 4.000.000 – 10.000.000/tahun bergantung pada fasilitas kamar dan posisi dari kampus diploma.
Makan : 10.000 – 18.000/porsi
jadi 1 hari 3 kali makan selama 1 bulan (30 hari)
10.000 X 3 kali makan X 30 hari = 900.000/bulan
18.000 X 3 kali makan X 30 hari = 1.620.000/bulan
Biaya lain-lain ((foto copy, print, transportasi, hiburan, komunikasi(pulsa, paket) dst )) data berkisar 250.000/bulan
Sekian ulasan
Romesta Tarigan
semoga bermanfaat.
Analysis of Genetic Diversity in Cacao (Theobroma cacao L.) Derived from Equador Based on SSR Markers
Microsatellite or simple sequence repeats (SSR) markers have been proven to be an excellent tool to determine the genetic diversity in cacao. A total of 22 clones including 20 clones introduction from Equador and two clones as control (MCC 01 and MCC 02). The result showed that, 13 SSR primer pairs were able to produce clear bands for 22 cacao clones, 10 SSR loci were polymorphic and three others were monomorphic. Genetic diversity were evaluated using numerical taxonomy and multivariate analysis system (NTSys) with grouping method sequential agglomerative hierarchycal nested cluster analysis (SAHN). Based on analysis, MCC 01 and MCC 02 did not have high genetic distance compared to other genotypes. Combination of four cacao from ekuador had higher genetic distance than others (≥ 0.70), Cocoa Equador 64 (E 64) had separated cluster at diversity coefficient of 41%, which indicated high genetic distance than other genotypes. Cocoa clones with highest genetic distance can be used as parental line for crossing.
Study english
English language is very important. when you communicate with your patner from other country and you must use it. Study english is very easy. The key about it is practice. Thank You
Ada apa di Kabupaten Karo 2016 ?
ROMESTA TARIGAN 
Recent Comments